纳西族有自己本民族的语言，其语系属汉藏语系藏缅语族彝语支中一种独立的分支语言，同彝语、哈尼语以及拉祜语等有着非常密切的亲缘关系。纳西语在语音方面的特点是：辅音分清浊，其中浊辅音较多；韵母以单元音为主，复元音较少，而且元音往往不分松紧。语言学者以云南省丽江县丽江坝的纳西语为模本进行统计，共有三十九个声母和二十二个韵母。纳西语的声调一般可分为高平、中平、低降和低升四种。在语法方面，词序和助词搭配是构成句法的主要手段，句子成分的基本顺序为：“主语-谓语”式或“主语-宾语-谓语”式。在纳西语的词汇中，量词显得较为丰富。
　　纳西语可划分为东部和西部两个方言区。东部方言区系指金沙江以东的纳西族居住区，以云南和四川交界处泸沽湖畔摩梭人的语言为代表，操这种东部方言的约有5万人。西部方言区包括整个金沙江以西的纳西族居住区，以云南省丽江县大研镇的语言为代表，操这种方言的大约有25万人。而所谓纳西语便是以西部方言作为基础方言，丽江县大研镇白话为标准音点的。分属东部和西部两个方言区的人通话有困难，主要原因就在于地理环境和生活习俗等方面的不同使得许多词汇存在着一定程度的差异。语言学者曾从两种方言的常用词汇中抽取出1500余个词进行比较，发现其中同源词仅为900来个，占60%左右，而非同源词达近600个，约占40%。即使是那部分同源词，在发音的音位与音调等方面也有所不同。近些年来，有关部门虽在西部方言的基础上制定出了一套纳西文，但由于种种复杂原因，即使是在西部方言区的使用面也颇为狭小。
　　纳西语有纳西语口语和纳西语书面语（即东巴文，又称纳西象形文字）之分。纳西语口语较为简便，一般多为2音或3音为一词，书面语则以单音为一词为主。

　　丽江、中甸、维西、永胜等县的纳西族，特别是丽江的纳西族，自明代开始，主要学习和使用的是汉文，但在一部分人中，一直保存和使用着古老的象形文字和音节文字。
　　象形文字，是一种比较原始的图画文字。纳西语叫serjelvje(森究鲁究)，意为“木迹石迹”，见木画木，见石画石。清代余庆远在他所著的《维西闻见录》中说：“麽些，有字迹，专象形，人则图人，物则图物，以为书契”。象形文字，主要是由巫师“东巴”用来书写经典的，所以又叫“东巴文”。有些东巴还用作为学习汉文的注音符号；住在江边和山区的部分群众，也用它来记账、记事和通信。象形文字书写的东巴经书和文献共有500多种，约20，000册；并且迄今仍在部分人中流传使用。这在中国以至全世界现存的古文字林中是首屈一指的。象形文字，共有1000多个符号。它是由表意的象形符号为基础，加上表音的假借字和附加符号构成的。如太阳，象形为(？)；村庄为(？)，由意符?(房)和音符？(雪)所组成，发?的音，是形声字，起假借作用；械斗(？)，是两个象形人字和双棍交叉的附加符号构成，×只助表意，与发音无关。象形文，字多音少，一个字发几个音，几个字又代表几个词或句子；即使是同一个符号，也因人因地而使音和意有所不同，变异性大，尚不能把语言准确地记录下来。所以，象形文字，仍是从比较原始的图画符号向表意文字过渡的一种文字。属于象形文字范畴的还有“玛丽玛莎”文和“阮可”字。它们是由东部迁居维西、中甸、丽江的少数群众和东巴使用的，其字源基本上是象形文或由象形文演变而来，所不同的，是用东部的方言来读音。
　　音节文字，纳西语叫“哥巴文”，含有后世东巴弟子创造和使用的意思。它的字源来自两个方面：一是把象形文字简化，如?简化为？，？简化为×；二是大量借用汉字，包括借用汉字的形和意等。由此可见，“哥巴文”是象形文字发展到一定的阶段，和汉族文化在丽江广泛传播以后产生的。“哥巴文”只有五百多字，笔划简单，一个字发一个音，比象形文字前进了一大步。但由于字数少，字体不固定，标音不标调，同音和近音替代的多，只在丽江少数村寨的东巴中使用，没有群众基础；即使是东巴，真正能掌握和使用的也不多。